Das Reliefmerkmal der Insel Mljet ist der Bergreichtum, der höchste Gipfel ist Veliki grad, 514 m hoch, und er liegt im zentralen Teil der Insel. Die Felsen sind aus Dolomit und Kalkstein, und der Boden ist Roterde und brauner Boden auf Kalkstein. Auf der Insel gibt es keinen undurchlässigen Boden und somit gibt es keine Wasserläufe, aber es gibt mehrere Quellen vom Trinkwasser. Der Große und Kleine See (Veliko und Malo jezero) im nordwestlichen Teil der Insel sind tatsächlich die versunkenen Karsttäler, die mit Meerwasser gefüllt sind. Die Küste von Mljet ist sehr gegliedert; sie ist reich von kleinen Inseln, Buchten, Klippen und Naturhäfen.
Mljet gehört zum Mittelmeerklima, mit dem Klima markiert mit Csa von Köpen, das so genannte Oliven Klima benannt wird.
Neueren Forschungen der Flora der Insel Mljet haben im 1980 Professoren Ljerka Regula und Ljudevit Ilijanić (1984) und Professor Ivo Trinajstić (1985) gemacht. Im Buch des Symposiums, das auf Mljet im 1995 abgehalten wurde, wurde die Arbeit von Professorin Zinka Parletić (1995) über die gefährdeten Arten der Flora und von Prof. Ivo Trinajstić (1995) über die Vegetation von Mljet veröffentlicht. In der letzten Zeit, in den Jahren 2003 und 2004 haben die Autoren Alegro, Biljaković, Bogdanović und Boršić über die Genauigkeiten der Vegetation von Saplunara erforscht.
Fauna
Die reiche und interessante Tierwelt der Insel ist noch nicht vollständig erforscht.
Die Schlangen sind selten geworden (es gibt keine giftigen) nachdem die Mungos (Herpestes auropunctatus) im 1909 eingebracht wurden. Nach einem anfänglichen schnellen Anstieg kam es bis zu einem gewissen Gleichgewicht mit der Umwelt der Mungo Population. Von Reptilien die häufigsten sind: Östliche Smaragdeidechse (Lacerta viridis), Dalmatinische Spitzkopfeidechse (Lacerta oxycephala), Adriatische Mauereidechse (Lacerta melisellensis) und Europäischer Halbfinger (Hemidactilus turcicus).
Von Säugetieren leben hier: Maus (Apodemus mystacinus), Igel (Erinaceus europeus), mehrere Arten von Fledermäusen (Chiroptera), Siebenschläfer (Glis glis), Steinmarder (Martes foina) und Feldhase (Lepus europaeus). Damhirsch (Dama dama) wurde auf die Insel nach dem Zweiten Weltkrieg gebracht, und in jüngerer Zeit wurde auch Wildschwein gebracht (Sus scrofa).
Die Vogelwelt ist besonders während der Migration reich und vielfältig.
Gut erhaltene lebendige Tierwelt gibt es im Meer um die Insel und ist charakteristisch in der südlichen Adria.