Pierwszymi mieszkańcami wyspy Mljet byli Ilirowie z plemienia Ardiaei, którzy przybyli przez port Prapratno na półwysep Pelješac i dalej na Mljet 4000 lat temu. Pierwszy kontakt z wyspą Mljet mieli w portach: Sobra i Okuklje, które były najbliżej półwyspu Pelješac, ale mieli także styczność z portami: Polača i Kozarica. Gdy przybyli na jedną z najbardziej zalesionych wysp, zaczęli powoli osiedlać się wokół źródeł wody pitnej i wzdłuż brzegów dolin na wyspie. Żyli w małych domach zbudowanych z kamiennych murów, które były przykrywane podszyciem z lasów i sosnowymi gałęziami. Zajmowali się hodowlą zwierząt, zwłaszcza owiec i kóz, a także polowaniami i połowami.
Pierwsze historyczne wzmianki o wyspie Mljet dotyczą greckich żeglarzy, którzy płynęli najpewniej przez Kanał Mljet do swoich kolonii na wyspie Korčula - Vis i Hvar i zatrzymywali się w zatokach Mljetu przy silnym południowym wietrze. Wyjątkowo przy złej pogodzie, Grecy zatrzymywali się w zatoce Sobra i Polača ze względu na źródła wody pitnej, które były tuż obok wybrzeża. Materiałów dowodzących pobytu Greków na wyspie niestety nie ma, więc można wysnuć wniosek, że Grecy nie zamieszkiwali wyspy, ale wykorzystywali ją do rekreacji i jako schronienie przed złą pogodą. Dowodem na to są podwodne znaleziska greckiej amfory w okolicach dzisiejszych portów Okuklje, Sobra i Polača, co świadczy o pobycie Greków w czasie złej pogody lub o atakach piratów.
Mljet był pod panowaniem Rzymian w 167 p.n.e., kiedy Ardidean władca Genthius rozpoczął wojnę z Rzymianami i został pokonany w tej wojnie. W tym czasie Rzymianie podbili obszar dzisiejszej Albanii. Panowanie Rzymian na Mljecie było jedynie nominalne, bo Ilirowie nadal prowadzili działalnośc piracką w kanale Mljet. Pierwsze konkretne informacje o Mljet znajduja się u rzymskiego pisarza Appiana, który opisywał wojny cesarza Augusta z miejscową ludnością na wyspie Mljet. Appian w swoim dziele De rebus Illyricis używał nazwy iliryjskiego miasta Melitus, za cesarzem Augustem, które zostało zniszczone w 35 r p.n.e. z powodu częstych ataków piratów na rzymskie statki. Wraz z podbojem miejscowej ludności, Rzymianie w zatoce Polače zaczęli budować w III wieku n.e. wspaniały pałac, gdzie znajdowała się siedziba rzymskiego gubernatora. Pałac miał funkcję obronną, z dwoma potężnymi wieżami na jego końcach. Z biegiem czasu wraz z pałacem zbudowano dwie wczesnochrześcijańskie bazyliki i termy, co oznacza, że w pałacu, z wyjątkiem gubernatora mieszkali duchowni. Na tej podstawie można wywnioskować, że Polače w tym czasie było miastem późnoantycznym i wczesnośredniowiecznym.
Mieszkańcy Neretvy przyszyszli na Mljet poprzez półwysep Pelješac jak Ilirowie i zbudowali swoją osadę (pierwsza słowiańska osada na wyspie Mljet) na miejscu miasta Maranovici i nazwali je Vrhmljeće.
W XII wieku panami całej wyspy byli Benedyktyni, z siedzibą w klasztorze na wyspie św.Marii, którzy w krótkim czasie umocnili swoją feudalną władzę na wyspie. Benedyktyni wytwarzali samodzielnie wszystkie produkty żywnościowe i pokazali miejscowej ludności, jak może rozwijać się dana kultura ludzka, co znacznie poprawiło rolnictwo na wyspie. Oprócz rozwoju gospodarki, benedyktyni odegrali ważną rolę w szerzeniu umiejętności czytania i pisania. Uważa się, że biblioteka klasztoru na Mljet należała do jednej z dziesięciu największych w opactwach benedyktyńskich w Dalmacji. Z biegiem czasu Benedyktyni sprawowali kościelną i cywilną władzę na wyspie. Na mocy specjalnego dokumentu "Mljet Statut", który został opublikowany w Dubrowniku dnia 24 września 1345, klasztor zwolnił wszystkich wyspiarzy od płacenia wszystkich składek i wykonywania pracy feudalnej dla opactwa.
Po przyjęciu Statutu Mljet w 1345 i po zwoleniu wyspiarzyz poddaństwa, Dubrownik zaczął przygotowywać się do jak najszybszego ustanowienia swojego panowania na Mljet. W dniu 15 listopada 1410 roku Wielka Rada ogłosiła rozporządzenie, że Mljet staje się częścią Republiki Raguzy. Mljet pozostanie pod rządami Dubrownika do zniesienia Republiki w 1808 r.